7月1日，中共貴州省委書記石宗源把騷亂定調為「一起單純的民事案件釀成一起嚴重的打、砸、搶、燒群體性事件」，「被少數別有用心的人員煽動利用，黑惡勢力直接插手，公然向我黨委、政府挑釁」，「影響了全省穩定和貴州形象」。[17]死者家人指死者被姦殺，公安隱瞞真相，庇護高幹子弟。而貴州省公安廳公布的死因調查結果是死者自殺溺水身亡，並聲稱已經進行了兩次屍檢，結果都是一樣。官方的說法是：當晚死者李樹芬與女友王嬌、男友陳光權和劉言超外出遊玩，步行到西門河邊大堰橋處閒談，死者曾表現出輕生念頭，但不久平復；男友陳光權離開後，劉言超在橋上做「俯臥撐」時，死者突然跳河自殺。[18]甕安縣公安局副局長周國祥表示，李樹芬的叔叔是在保險公司門口被打，公安局正在調查此事件。黔南政法委書記羅毅否認「元兇是縣委書記的親侄女，另2個參加行兇的男生和派出所所長有親戚關係」的說法，指與死者一起玩耍的陳某、劉某、王某的父母均在農村務農，而縣委書記與其妻子並非本地人，在甕安沒有任何親屬。[19]而「做俯臥撐」一詞亦在一夜之間成為中國網際網路的流行語。[20]
根據中國官方媒體報道，7月2日，也就是騷亂發生後的第四天，貴州省成立的由貴州省公安廳刑偵總隊主任法醫師、溺水研究專家屈劍平、貴陽醫學院法醫教研室主任、司法鑑定中心主任王傑副教授、貴州省人民檢察院高級工程師葉忠源、副主任法醫師楊永剛組成的專家小組，在李樹芬父親、姨媽等的監視下，進行了第三次屍檢取樣，對死者遺體進行了仔細探查，並將有關提取物用無菌物證袋封存，於7月3日上午送往貴州省公安廳物證鑑定中心，作精斑及DNA檢驗。李樹芬家屬簽署了檢驗記錄，並在之後按照當地風俗將她的遺體入棺下葬。[21][22][23]
7月10日，官方第三次屍檢的調查結果公布。經過檢驗，未檢出人的精斑及男性DNA分型，並認為李樹芬仍為處女，生前未發生過性行為或受過性侵害。對遺體頭部進行層層解剖的結果顯示，死者腦組織沒有出血和挫傷，顱底無骨折；頸部檢查後沒有發現勒、扼、壓、掐等留下的痕跡，系統解剖檢驗中也未發現顱腦、頸部肌群、胸、腹等臟器損傷。死者胸腹體表皮膚完好，無鈍器、銳器傷，也沒有發現遭受暴力侵害時可能留下的搏鬥傷和抵抗傷。
屍檢表明死者遺體其瞼結膜見針尖樣出血點；雙側顳骨岩部骨松質出血；心包膜、心耳針尖樣出血點，具有典型溺水窒息屍體徵象。同時，有典型的水性肺氣腫（溺水死亡）徵象：雙肺膨隆腫脹，雙肺前緣超過鎖中線；鼻腔外見白色蕈狀泡沫。
貴州省公安廳刑偵總隊主任法醫師、溺水研究專家屈劍平認為：「如果人是死後被投入水中，是不可能出現上述體徵的，比如水性肺氣腫、點狀出血等等。」另外，病理學檢驗排除了病理性死亡和中毒死亡的可能性。鑑定結論為死者系溺水死亡[24]。
事件發生後，截至7月3日，警方已抓獲59名犯罪嫌疑人，其中22名被刑事拘留。涉及到流氓惡勢力的有39人，19名涉案學生投案自首[25]；甕安縣人民法院於同年11月6日開庭審理首宗相關事件，並於14日下午宣判涉案人張光靜有期徒刑16年、莫光付15年、肖春平7年、李秀龍5年、李慶安5年、柴吉方2年（緩刑2年）[26]。